يترأس هيئة الصحة بدبي سمو الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم نائب حاكم دبي، وزير المالية ويدير الهيئة مدير عام الهيئة ونائب المدير العام والمدراء التنفيذيين للمستشفيات والرعاية الصحية.